T15 – FAIRifizierung von Studiendaten in klinischer und epidemiologischer Forschung – NFDI4Health Tutorial
Tag, Uhrzeit, Dauer
Donnerstagnachmittag, 14–18 Uhr, 4h
Angebotene Sprache
Englisch
Kurzbeschreibung
Teil 1 (14:00 – 15:15 Uhr) Hands-on-Workshop zum German Central Health Study Hub
Im ersten Teil des Workshops lernen Teilnehmende, wie sie ihre Studien (=Metadaten) teilen und auffindbar machen können, in dem sie diese auf dem Metadatenportal der NFDI4Health, dem German Central Health Study Hub, veröffentlichen. Nach einer Vorstellung des Metadatenportals und seiner Funktionalitäten werden wir gemeinsam die Metadaten einer Beispielstudie in die Eingabemaske des Portals eintragen. Dabei werden die verschiedenen Bereiche der Eingabemaske vorgestellt und alle Felder erläutert, die für eine Publikation der Metadaten gemäß der FAIR Datenprinzipien ausgefüllt werden müssen. Abschließend betrachten wir einen bereits veröffentlichten Eintrag und zeigen auf, welche zusätzlichen Felder ausgefüllt werden können. Außerdem stellen wir vor, welche Studiendokumente wie Fragebögen oder Data Dictionaries ebenfalls über die NFDI4Health veröffentlicht werden können.
Teil 2 (15:20 – 16:35 Uhr) Harmonisierung von Forschungsdaten
Die Teilnehmenden lernen in diesem Teil des Workshops, wie sie ihre Forschungsdaten interoperabel machen können. Dazu gehen wir gemeinsam eine Schritt-für-Schritt-Anleitung (Harmonisierungsprotokoll) durch und stellen Werkzeuge vor, welche in Maelstrom, eine etablierte kanadische Harmonisierungsinitiative, entwickelt und für die Bedarfe in NFDI4Health angepasst wurden. Diese Werkzeuge ermöglichen zum einen das Sammeln Forschungsdaten-beschreibender Metadaten und zum anderen die Vorbereitung auf den eigentlichen Harmonisierungsprozess. Dieser besteht aus der Ermittlung des Harmonisierungspotenzials und dem Aufstellen von Harmonisierungsregeln. Anhand eines Beispieldatensatzes mit 5 typischen Variablen wenden wir die entsprechenden Harmonisierungsregeln an und erstellen Berichte über den Erfolg der Harmonisierung.
Teil 3 (16:40 – 18:00 Uhr) Hands-on Workshop zu verteilten Datenanalysen mittels DataSHIELD
In diesem Teil des Workshops lernen die Teilnehmenden die verteilte Datenanalyse-Plattform DataSHIELD kennen, die bereits in nationalen und internationalen Forschungsprojekten genutzt wurde und auch in NFDI4Health in Pilotprojekten zum Einsatz kommt. Neben einer Einleitung zu Funktionsweise, technischer Architektur sowie Vor- und Nachteilen von DataSHIELD, erfahren die Workshop-Teilnehmende auch, wie NFDI4Health bei der Implementierung der DataSHIELD-Infrastruktur behilflich sein kann.
In dem interaktiven Abschnitt dieses Workshops werden die Teilnehmenden die Gelegenheit haben, DataSHIELD selbst auszuprobieren und die skriptbasierte Umgebung kennen zu lernen. Hierfür stellen die Organisatoren dieses Workshops harmonisierte Beispieldaten auf ihren Opal-Servern bereit, zu dem sich die Teilnehmenden verbinden können.
Fachliche Voraussetzungen
Das Tutorial richtet sich an Forschende, die Studiendaten sammeln und analysieren und Interesse daran haben, diese Daten FAIR zu machen, z. B. um die Auffindbarkeit ihrer Studiendaten zu verbessern und/oder die Vergleichbarkeit und Interoperabilität mit anderen Datensätzen zu ermöglichen. Zusätzlich wird es eine Einführung geben, wie Datenhalter an Projekten mit verteilten Datenanalysen teilnehmen können, welche Infrastruktur dafür benötigt wird und welche Tools und Unterstützung NFDI4Health dafür anbietet. Für diesen Teil wären Erfahrungen mit R und RStudio hilfreich.
Ebenfalls richtet sich das Tutorial an Beschäftigte, die im Bereich Forschungsdatenmanagement tätig sind und ihre Kenntnisse im Bereich FAIRer Daten, (z.B. personenbezogene Gesundheitsdaten unter Beachtung von Datenschutzstandards publizieren) Datenharmonisierung oder verteilter Datenanalyse-Infrastrukturen ausbauen möchten.
Technische Voraussetzungen
Laptop mit W‑LAN Zugriff, um auf das Datenportal der NFDI4Health zugreifen zu können; für den zweiten Teil wäre es sinnvoll, wenn R und RStudio installiert wäre.
Organisatorin
Julia Fürst
Florian Schwarz
Institution
ZB MED Informationszentrum Lebenswissenschaften, Bonn
Kontakt
fuerst [at] zbmed.de
Zusätzliche Referent*innen
Vera Clemens
Guillaume Fabre
Franziska Jannasch
Carolina Schwedhelm
Sofia Maria Siampani
Institution
Deutsches Institut für Ernährungsforschung
Max Delbrück Center